Когда после битвы Алкасер Кибир пропал без вести молодой король Себастьян, в Португалии возникла серьезная проблема престолонаследия. Единственным возможным законным наследником престола по мужской линии стал связанный целибатом восьмидесятилетний кардинал Генрих, двоюродный дед Себастьяна. Все прочие наследники по мужской линии оказались спорными, а из наследников по женской линии первым в ряду стоял испанский король, Филипп II. Другим правдоподобным претендентом на престол по женской линии был Дон Теодозио Браганса, находившийся в мавританском плену после злополучной битвы Алкасер-Кибир, то есть отсутствующий, а первым был Филипп.
Самое серьезное сопротивление его вступлению на престол оказали сторонники Антонио, приора Крато, сына Инфанта Дона Луиша, герцога Бежа, приходившегося родным братом королю Жуану III и также бывшего приором Крато.
В конце XIX в. в архиве Кафедрального Собора Эворы была найдена запись о крещении Антонио, сына Инфанта Дона Луиша и безродной девицы, Виоланты Гомеш, по прозвищу "Пеликана". В документах дед Антонио, отец девицы, именуется не иначе как "свекор Инфанта Д. Луиша", что косвенно подтверждает факт тайного бракосочетания родителей Антонио, поскольку духовенство не допускало подобных вольностей без причин. Пеликана была единственной известной страстью Д.Луиша и причиной, по которой он отказался от выгодных партий во Франции и Англии. Мать Антонио вела очень скромный образ жизни, после кончины Инфанта Луиша поселилась в конвенте и ничем более свою честь не запятнала.
Приор Крато был принят многими слоями населения, и объявлен королем в Сантарене. Его поддержали Лиссабон, Бежа и почти все крупные города. Обосновавшись во дворце Рибейра (главном королевском дворце, построенном Мануэлом), новый король стал править страной, и даже успел начать чеканить новую монету. Религиозные ордена, однако, за исключением уже упомянутого ордена Крато, поддержали испанского Филиппа.
28 июля 1580 г. испанские войска под командованием герцога Альба вторглись в Португалию, а 5 августа достигли Лиссабона, где в битве Алкантара сторонники приора Крато потерпели поражение и вынуждены были отступить на север. Коимбра поддержала Д.Антонио, а Авейру и Порто оказали некоторое сопротивление, но были заняты.
Сражения и противостояние продолжалось еще некоторое время, но обещанная Приору Крато помощь из Франции не явилась вовремя, и потому война была однозначно проиграна.
Кортес в Томаре на условии сохранения двойственности монархии и независимости Португалии 15 апреля 1581 г. провозгласил королем Фелипе I.
Король Дон Антонио, правивший недолго, был объявлен самозванцем и бежал в мае 1581 г. во Францию, откуда с поддержки Франции и даже протестантской Англии, направившей в Алгарве эскадру под командованием Френсиса Дрейка, продолжал вести борьбу за престол и независимость Португалии до самой смерти.
Еще два года после вступления Филиппа на престол продолжалось противостояние на мятежных Азорах, а затем было осуществлено несколько вылазок, но собрать объединенное достаточно значительное войско Антонио не удалось. В отчаяньи, вернувшись в Париж, он умирает, не добившись своего, 26 августа 1595 г.
Тем временем в Португалии один за другим возникают лже-Себастьяны. Первый лже-Себастьян появился на севере, в Пенамакоре, как раз в области, где продолжалось долее всего сопротивление испанским войскам, в 1584 г. Спустя некоторое время появляется лже-Себастьян в Эрисейре, в 1585 г. Еще 10 лет спустя возникает лже-Себастьян в Мадригале и после смерти Филиппа Испанского в 1598 г. еще один лже-Себастьян в Венеции.
Охваченная пламенем продолжающихся войн реформации в колониях, в начале XVII в. Испания постепенно теряет способность управлять Португалией. Ресурсы богатейшей державы истощаются. По мере возникновения проблем в колониях и удаленных территориях обостряются проблемы внутри страны: голод разжигает антииспанские настроения, один за другим вспыхивают мятежи, то в Бразилии, то на побережье севера, то в Лиссабоне, то в Сетубале. Завершилось все, разумеется, революцией 1 декабря 1640 г. и последовавшей за ней серией многолетних войн независимости...
